כל אסיר המרצה את עונשו זכאי לעתור לבית המשפט המחוזי אשר בית הסוהר שבו הוא מוחזק נמצא באזור שיפוטו. העתירה יכולה להיות כנגד כל החלטת שירות בתי הסוהר הקשורה למאסרו ולתנאי מאסרו, כדוגמת, תנאי מחייה, יציאה לחופשה, התייחדות, כליאה בבידוד ועוד. אף אדם המרצה מאסר בדרך של עבודות שירות זכאי לעתור כנגד החלטות שב”ס למקום עבודתו ותנאי העסקתו.

הדיון בעתירה מתבצע לרוב מול שופט אחד, למעט עתירות נגד וועדת השחרורים אשר צריכות להתקיים מול שלושה שופטים. האסיר רשאי להסתייע בייצוג של עורך דין פרטי או לייצג את עצמו. על החלטת בין המשפט המחוזי ניתן לערער לבית המשפט העליון תוך כ- 15 יום ממועד ההחלטה או המצאתה לאסיר. בית המשפט העליון יכול להשאיר את ההחלטה על כנה או להפוך אותה, זאת על סמך סיכומים בלבד וללא טענות שבעל פה.

מרבית האסירים העותרים מבקשים פטור מאגרה בשל מצבם הכלכלי ולרוב גם מקבלים הפטור הנדרש. לאור זאת, ישנם אסירים המרשים לעצמם להגיש עתירות ימים כלילות והכל בכוונה של “התשת המערכת”. דבר זה עלול לפגוע רבות בעתירתם אף אם בעתיד הם אכן יהיו צודקות. לאור עובדה זאת, מומלץ לאסיר לעתור רק כשיש בידו עילה משמעותית ולעשות זאת באמצעות ייצוג משפטי הולם.